Свою историю эта структура ведёт с 1925 года, когда секретному отделу Объединенного государственного политического управления была поручена секретно-оперативная работа в политических изоляторах.
Однако официальным днём создания оперативных подразделений УИС считается 8 мая 1935 года.
Сегодня оперативное управление обеспечивает личную безопасность заключенных и персонала исправительных учреждений, а также занимается расследованием и предупреждением преступлений в местах отбывания наказания.