Магистрант Томского НИМЦ Роза Сарыглар рассказала о своем опыте обучения по программе «Биоинформатика: мультиомика единичных клеток» и исследованиях на стыке экспериментальной биологии и анализа данных.
— Мой путь в науку начался с медико-биологического факультета РНИМУ им. Н.И. Пирогова по специальности «Медицинская биохимия». Сейчас я работаю в лаборатории клеточной биологии НИИ биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича в Москве, куда пришла еще на дипломный проект, — и вот уже больше десяти лет занимаюсь экспериментальной, «мокрой» биологией.
Одним из ключевых направлений лаборатории является исследование свойств мезенхимных стволовых клеток (МСК) и разработка подходов их применения в регенеративной медицине. Мы сфокусированы на изучении иммуномодулирующих свойств МСК. В частности, моя диссертационная работа посвящена клеточным и молекулярным механизмам, с помощью которых МСК из стромы опухоли запускают функциональную перестройку иммунных клеток, способствуя росту и выживанию новообразования. Иными словами, я изучаю то, как микроокружение помогает опухоли избегать иммунного надзора.
Решение поступить в магистратуру не было спонтанным. Знакомство с биоинформатикой я начала несколько лет назад: прошла курсы по анализу NGS-данных. Довольно быстро стало понятно, что дальнейшее развитие в этой области должно быть связано с single-cell технологиями — методами, позволяющими изучать процессы на уровне отдельных клеток.
Программа «Биоинформатика: мультиомика единичных клеток» закрывает именно тот разрыв, который я ощущала в своей подготовке: она объединяет глубокое понимание биологии с современными вычислительными подходами. Для меня важно, что нас обучают преподаватели, которые сами активно работают в области single-cell исследований. Большое преимущество программы – лекции от ученых из крупных международных исследовательских центров: Институт Сенгера (Великобритания), Гарвардская медицинская школа (США), Медицинский университет Вены (Австрия), Университетский медицинский центр Фрайбурга (Германия) и Центра биосистемных наук и инженерии (Индия). Мою магистерскую работу курирует постдок из Центра детской онкологии Хоппа (KiTZ) в Гейдельберге (Германия).
Получается, что Томск в этой системе координат — настоящий центр притяжения большого международного научного сообщества. Кстати, о сообществе: магистерская программа тесно связана с международной Ассоциацией анализа единичных клеток (ASCA), и это дает дополнительные возможности для нетворкинга и профессионального роста.
Совмещать учёбу в магистратуре с полноценной научной работой, признаюсь, непросто, особенно когда постоянно живёшь и работаешь в Москве, а основная программа — в Томске. Но формат, сочетающий онлайн-лекции и интенсивные очные сессии — делает это вполне реальным. У программы есть партнёрские научные базы в Москве и Санкт-Петербурге, где можно проходить стажировки в рамках учебного плана.
После окончания магистратуры планирую продолжить работу в той же области, но на качественно новом уровне. Моя цель — стать специалистом, который одинаково уверенно работает как с клеточными моделями, так и с анализом данных секвенирования. Моя магистерская диссертация посвящена интеграции данных scRNA-seq и scATAC-seq для поиска соматических изменений в опухолях. В перспективе я планирую применять те же подходы для изучения гетерогенности стромы колоректального рака и рака молочной железы — моделей, с которыми наша лаборатория работает уже много лет. Single-cell анализ позволяет увидеть то, что теряется в усреднённом сигнале: механизмы подавления иммунитета и потенциальные терапевтические мишени, которые невозможно было обнаружить ранее. Считаю, что специалисты с подобной междисциплинарной подготовкой востребованы в современной биомедицинской науке, особенно в контексте развития single-cell и мультиомиксных технологий.
- Узнать больше о программе магистратуры: https://master-omics.ru/