Хотелось бы определять клиническое значение вариантов в некодирующих областях генома так же рутинно и по известным алгоритмам, как мы это сейчас делаем для герминальных вариантов в кодирующих частях генов. Сейчас в мире много работ как раз по некодирующим областям генома, которые влияют, тем не менее, на тяжесть проявлений фенотипа наследственных заболеваний. Возможно, что со временем этих работ будет все больше, и это позволит нам, несмотря на всю сложность используемых методик, ставить точно диагноз там, где сейчас мы затрудняемся это сделать.
В преддверии конференции «Молекулярная диагностика 2025» мы публикуем серию коротких интервью со спикерами конференции. Дмитрий Сергеевич Михайленко, к.м.н., заведующий кафедрой онкогенетики ИВиДПО ФГБНУ «Медико-генетический научный центр имени академика Н.П. Бочкова», рассказывает о молекулярно-генетической диагностике.
Глубокоуважаемые коллеги, я рад приветствовать вас в преддверии конференции «Молекулярная диагностика 2025». Я говорю «конференция», но на самом деле специалисты в области молекулярной медицины и молекулярной диагностики прекрасно знают, что это очень большой международный научно-практический форум, который уже много лет реализуется благодаря усилиям большой дружной команды. За многие годы эта конференция стала, пожалуй, одним из самых знаковых событий в современной молекулярной диагностике.
За прошедшие с прошлой конференции пару лет многое изменилось, прежде всего это касается разработки мРНК-вакцин, практического применения циркулирующей опухолевой ДНК и разработки новых классов таргетных препаратов.
Если же мы говорим об отечественных реалиях, то можно сказать, что сейчас, в 2025 году, полногеномное секвенирование уже не является чем-то эксклюзивным, как это было 2–5 лет назад, когда оно выполнялось в ограниченном объеме и в очень небольшом количестве учреждений. Сейчас ситуация другая, это уже рутинно используемый нами инструмент, как и другие виды молекулярно-генетической диагностики, такие как ПЦР-диагностика и секвенирование по Сэнгеру.
Есть некоторый прогресс в области издания российских аналогов рекомендаций либо учебно-методических пособий о том, как надо интерпретировать варианты и консультировать пациентов. Раньше, 2–5 лет назад, мы ориентировались в основном на зарубежные рекомендации, написанные на английском языке, например, рекомендации NCCN, если мы говорим про онкологические заболевания. Сейчас изданы многие необходимые учебно-методические пособия. Например, «Медико-генетический научный центр имени академика Н.П. Бочкова» совместно с компанией «Эвоген» уже выпустил два учебно-методических пособия, планируется еще одно, по поводу консультирования больных с наследственными онкологическими синдромами и их родственников.
Кроме того, за прошедшие два года произошло обновление современных клинических рекомендаций, размещенных в Рубрикаторе КР Минздрава России. Я участвовал в разработке трех клинических рекомендаций, относящихся к раку почки, мочевого пузыря и предстательной железы. Процесс еще не завершен, но уже сейчас в Рубрикаторе КР есть новые генетические рекомендации по раку почки, в которых описаны практически все моногенные наследственные онкологические синдромы, с которыми на практике может встретиться врач-уролог, врач-онколог. Добавлен отдельный раздел по тому, как надо дальше консультировать и осуществлять динамическое наблюдение у пациентов с подтвержденными герминальными мутациями, какая периодичность и каких исследований должна быть у таких людей.
Если немного помечтать, то в недалеком будущем нам, врачам – лабораторным генетикам, хотелось бы определять клиническое значение вариантов в некодирующих областях генома так же рутинно и по известным алгоритмам, как мы это сейчас делаем для герминальных вариантов в кодирующих частях генов.
Сейчас, когда врач – лабораторный генетик анализирует результаты секвенирования и видит, например, замены или небольшие инделы, он идет во всем известные базы данных, такие как Franklin или ClinVar. В соответствии с тем, что он видит в базах и в литературе, используя соответствующие критерии патогенности международных профессиональных медицинских ассоциаций, он выставляет определенный класс патогенности варианту. Это, в общем, рутинная работа. Если мы видим какие-то CNV, то идем в базу данных DECIPHER и другие базы и делаем примерно то же самое.
Но все равно остается какое-то количество пациентов, например, с наследственными заболеваниями, у которых, несмотря на характерный фенотип и несмотря на то, что мы знаем гены-кандидаты этого заболевания, все-таки патогенный вариант остается неидентифицированным. Эти пациенты остаются без точного молекулярно-генетического подтверждения диагноза.
В чем здесь проблема? Ответ может быть разным, но в том числе такого рода нарушения могут быть из-за мутаций, которые находятся где-то в промоторе, в инсуляторах, в сильных энхансерах, в генах длинных некодирующих РНК, которые регулируют продукт интересующего нас гена-кандидата, и так далее. Пока определение клинической значимости таких изменений в геноме остается, что называется, terra incognita, потому что формально мы все это должны отнести в основном к вариантам неопределенного клинического значения.
Сейчас в мире много работ как раз по некодирующим областям генома, которые влияют, тем не менее, на тяжесть проявлений фенотипа наследственных заболеваний. Возможно, что со временем этих работ будет все больше, и это позволит нам, несмотря на всю сложность используемых методик, ставить точно диагноз там, где сейчас мы затрудняемся это сделать.
В рамках конференции «Молекулярная диагностика 2025» пройдут две большие онкологические секции. Первую секцию — «Молекулярно-генетические исследования в онкологии» — формирует ведущий специалист в области молекулярной онкогенетики Евгений Наумович Имянитов, член-корреспондент РАН, руководитель Отдела биологии опухолевого роста НМИЦ онкологии им. Н.Н. Петрова в Санкт-Петербурге.
Вторую большую секцию — «Практические вопросы в современной онкогенетике» — формируем мы с коллегами, Анной Михайловной Строгановой и Петром Алексеевичем Шаталовым. Мы постарались в этой секции собрать доклады, которые относятся к наследственным онкологическим синдромам и тестированию соматических мутаций в опухолях. В частности, у нас будут доклады, которые будут отражать опыт ведущих крупных лабораторий и учреждений в диагностике наследственных онкосиндромов и то, как они решают проблемы, возникающие при больших диагностических потоках.
С докладами выступят Петр Алексеевич Шаталов из ФГБУ «НМИЦ радиологии» Минздрава России и Анна Михайловна Строганова из ФГБУ «НМИЦ онкологии им. Н.Н. Блохина» Минздрава России
У нас будет довольно интересный доклад от Марины Вячеславовны Немцовой из компании «Эвоген», которая аннотирует геномы и плотно занимается наследственными онкосиндромами. В эту компанию стекаются практически все случаи с подозрением на наследственные формы опухолевых заболеваний, которые идут через ведущие онкологические центры Департамента здравоохранения города Москвы. Они получили очень интересную статистику по разным типам мутаций.
Доклад «Особенности диагностики наследственного и спорадического колоректального рака» прочитает Виталий Павлович Шубин из ФГБУ «НМИЦ колопроктологии им. А.Н. Рыжих» Минздрава России. Я расскажу про современные подходы к диагностике опухолей почки. Людмила Эдуардовна Сердюкова из Морозовской детской городской клинической больницы расскажет о современных подходах диагностики опухолей головного мозга в детском возрасте.
Будет довольно интересный доклад о новом типе экстракорпоральной жидкостной биопсии от Марка Джайна из клиники, которая находится в одном кластере с Московским государственным университетом имени М.В. Ломоносова. Мы все привыкли к тому, что у жидкостной биопсии есть проблемы, связанные с концентрацией ДНК из опухолевых клеток в финальном образце. Они предложили довольно оригинальный способ, как с помощью экстракорпорального подхода и специальных колонок решить этот вопрос и получить препарат ДНК, по своим характеристикам мало отличимый от того, что получается после правильного выделения из крови или парафинового блока. А дискуссия, я думаю, позволит раскрыть важные аспекты для практикующих лабораторных генетиков.
Так что приглашаю всех на вторую секцию по молекулярно-генетической диагностике в онкологии, которая пройдет 11 ноября с 16:20 до 19:00 на международной научно-практической конференции «Молекулярная диагностика 2025».