Мы начали понимать, что все не так просто — даже с использованием геномных методов причина болезни находится не у всех пациентов. С другой стороны, у каждого пациента мы находим слишком много вариантов нуклеотидной последовательности, отличных от референсного генома, а доказать их причинность и патогенность — это отдельная задача.
В преддверии конференции «Молекулярная диагностика 2025» мы публикуем серию коротких интервью со спикерами конференции. Ольга Анатольевна Щагина, заведующая лабораторией молекулярно-генетической диагностики в Медико-генетическом научном центре имени академика Н.П. Бочкова (МГНЦ), рассказывает о диагностике моногенных наследственных заболеваний.
Наша лаборатория осуществляет потоковые исследования с использованием разнообразных методов ДНК-диагностики — от простой ПЦР до геномного анализа — для пациентов с моногенными заболеваниями. Мы участвуем в различных программах селективного скрининга и в расширенном неонатальном скрининге и занимаемся молекулярной диагностикой спинальной мышечной атрофии (СМА) и фенилкетонурии (ФКУ).
Также я являюсь заведующей кафедрой молекулярной генетики и биоинформатики в Институте высшего и дополнительного профессионального образования МГНЦ. Мы занимаемся обучением ординаторов и аспирантов и повышением квалификации врачей, конкретно моя кафедра осуществляет профессиональную подготовку в области молекулярных основ наследственности, молекулярных методов исследования и молекулярной генетики.
В последнее время молекулярная генетика, особенно медицинская ее часть, развивается очень быстро и скачкообразно. Одно из ключевых событий — внедрение омиксных технологий именно в медицинскую генетику. Это дает возможность анализировать геномы, экзомы, транскриптомы и протеомы, и сейчас накоплен достаточно большой опыт использования мультиомиксных технологий, в том числе в свете клинического применения.
Мы начали понимать, что все не так просто — даже с использованием геномных методов причина болезни находится не у всех пациентов. С другой стороны, у каждого пациента мы находим слишком много вариантов и последовательностей, а доказать их причинность и патогенность — это отдельная задача. Сейчас начала, наконец-то, выстраиваться модель использования омиксных технологий в диагностике: сначала должна быть клиническая гипотеза, потом должна быть молекулярно-генетическая гипотеза — на уровне ДНК, — и потом уже эти гипотезы можно проверять с использованием остальных методов.
Второе очень значимое событие — это бурное развитие терапии наследственных заболеваний. Сейчас существует достаточно большое количество платформ, позволяющих лечить наследственные болезни. Один из вариантов терапии заключается в том, чтобы добавить или убрать какое-то конкретное (уже известное) вещество — например, в случае ФКУ назначить пациенту диету. Другой подход нацелен на стабилизацию фермента или другого связанного с болезнью белка, чтобы сделать его работу нормальной.
И, конечно, разрабатываются различные методы генотерапии. Для целого ряда заболеваний она уже внедрена, и разные подходы к геномному редактированию продолжают активно разрабатываться. Часть генотерапевтических подходов сейчас находится на стадии серьезных клинических испытаний. Однако это новый вызов для нас, потому что в основе такой терапии лежит точный молекулярно-генетический диагноз. Не имея точного варианта, который является причиной болезни у пациента, никакой терапии мы назначить не можем. А с учетом того, что такие болезни, как СМА и ФКУ, развиваются стремительно и необратимо, мы к тому же поставлены перед необходимостью делать анализы очень быстро.
Наши знания и догмы биологии немножко пошатнулись с внедрением омиксных технологий, потому что сейчас мы получаем большой объем информации, в том числе о том, о чем мы раньше, может быть, даже и не очень задумывались — о различных регуляторных вариантах, о том, что состояние или фенотип пациента могут быть обусловлены не одним наследственным заболеванием, а сразу несколькими.
Энтузиазм, связанный с ожиданием, что омиксные технологии заменят все другие методы исследования, сменился небольшим разочарованием, когда стало понятно, что все равно не всё и не у всех можно выявить. Однако омиксные технологии сейчас встроены в систему помощи пациентам с моногенными заболеваниями, то есть они нашли свое место. Есть такие болезни, поиск причины которых лучше начинать сразу с геномного анализа, и есть болезни, которые лучше диагностировать с использованием других методов.
Найдя место именно в медицинской генетике и в диагностике, омиксные технологии заменили часть наших стандартных исследований, и это очень здорово, потому что они ускоряют диагностику, а цена с каждым годом падает. Это позволяет проводить такой анализ большему количеству пациентов, однако по-прежнему необходимо оценивать его целесообразность.
Мне очень интересно услышать разные взгляды и разные траектории: кто, как и что делает, как решают те или иные проблемы. Для меня лично секция, модерировать которую я буду на «Молекулярной диагностике 2025», примечательна тем, что я направленно позвала на нее представителей разных школ и разных лабораторий, которые занимаются непосредственно молекулярной диагностикой. Хочется выслушать ответы специалистов на каверзные вопросы, услышать доклады, которые они подготовили, — это и различные трудности, с которыми сталкиваются при диагностике болезней, связанных с экспансиями повторов, и использование комплексного подхода в виде генетических и эпигенетических решений для диагностики наследственных болезней, и нестандартные варианты гомозиготности у пациентов с рецессивными заболеваниями.
Отдельно меня интересует доклад китайских коллег, потому что в нашей секции с наследственными моногенными заболеваниями ожидается доклад о диагностике комплексных болезней, а именно сердечно-сосудистых. На мой взгляд, это в какой-то мере не сегодняшний день, а день будущий.