В микрофлоре ротовой полости человека исследователи из Токийского университета идентифицировали ранее неизвестные крупные внехромосомные элементы ДНК, получившие название Inocle. Кольцевые структуры, обнаруженные у бактерий Streptococcus salivarius, имеют размер от 293 до 395 тысяч пар оснований и присутствуют примерно у 74% обследованных людей.
Inocle несут в себе гены, кодирующие механизмы восстановления ДНК, защиту от окислительного повреждения и формирование клеточной оболочки, что позволяет бактериям приспосабливаться к неблагоприятным условиям в полости рта, таким как борьба за ресурсы, воздействие антибиотиков и атаки иммунной системы.
Разные типы Inocle заселяют специфические зоны рта: на спинке языка, и на слизистой щёк, на деснах. Их изучение стало возможным благодаря технологии preNuc, которая удаляет большую часть человеческой ДНК из слюнных проб и позволяет секвенировать длинные бактериальные ридсы. Исследователи собрали более 69 тыс. высококачественных контингов и выделили 85 новых внехромосомных элементов, среди которых особенно выделяются Inocle.
Функциональный анализ показал, что Inocle помогают бактериям переносить стресс и колонизировать эпителий. Inocle-α связаны с иммунным статусом человека: у носителей выше доля наивных и памяти В-клеток, активность белков NF-κB и TNF. При этом их количество снижено у пациентов с раком головы и шеи и колоректальным раком, что открывает перспективу использования Inocle в диагностике.
По словам Юя Кигучи, руководителя исследования: «Inocle позволяют изучать взаимодействие бактерий с человеком, их влияние на здоровье рта и роль в диагностике заболеваний». Открытие расширяет понимание микробиома и адаптивных возможностей комменсальных бактерий.
Источник: pcr.news