История Арбитражного суда Республики Адыгея началась 28 июня 1991 года. В этот день Совет народных депутатов XXI созыва принял решение об образовании в Адыгейской автономной области, тогда еще входившей в состав Краснодарского края, государственного арбитража. Главным государственным арбитром был назначен Пшидаток Вячеслав Еристемович.
Решением исполнительного комитета Совета народных депутатов Адыгейской автономной области от 12 августа 1991 года государственным арбитром Государственного арбитража области был назначен Шебзухов Заур Мухамедович, на должности работников суда были приняты Кучмезова Фатимет Маджидовна и Хут Рая Саферовна. В этом составе в сентябре 1991 года Государственный арбитраж Адыгейской автономной области начал полноценно функционировать.
В 1992 году, как и все органы Госарбитража в России, Государственный арбитраж Адыгейской автономной области был преобразован в Арбитражный суд.
В соответствии с постановлением первой сессии Верховного совета Республики Адыгея первого созыва от 26 марта 1992 года № 27 был образован Высший арбитражный суд Республики Адыгея, на должность председателя был избран Пшидаток Вячеслав Еристемович.
В том же году Арбитражный суд республики обзавелся собственным зданием, расположенным на улице Краснооктябрьской, 15.
Постепенно сформировался штат высококвалифицированных судей. Так, в 1992 году были назначены судьями Григорьян Вагружан Амаякович, Макаев Хамед Халидович, Мешлок Асланчерий Кассеевич, Стариков Виктор Семенович, Усков Михаил Дмитриевич, в 1993 году – Хачак Руслан Рамазанович, в 1996 году – Батулин Валентин Парфирьевич, Хамдамова Раиса Тимуровна, Шагуч Барич Аскарбиевич, в 1998 году – Маргиева Алла Юсуфовна, имевшие большой стаж работы в органах прокуратуры, МВД и других правоохранительных органах.
В структуре суда было три коллегии – по гражданским делам, по административным делам и апелляционная инстанция.
С 1 июля 1995 года арбитражные суды республик в составе Российской Федерации перестали именоваться Высшими. С этой даты по настоящее время суд стал Арбитражным судом Республики Адыгея.
В 2007 году председателем Арбитражного суда Республики Адыгея был назначен Дивин Игорь Михайлович.
С его руководством связано преображение внешнего облика суда. В здании был проведен капитальный ремонт залов судебных заседаний, кабинетов судей и работников аппарата суда, на совершенно новый уровень поднялось информационно-техническое оснащение суда.
К наиболее значимым событиям того периода можно отнести проведение в сентябре 2008 года в городе Майкопе на базе Арбитражного суда Республики Адыгея совместного заседания научно-консультативного совета Пятнадцатого арбитражного апелляционного суда и Арбитражного суда Республики Адыгея в работе которого приняли участие представители Высшего Арбитражного Суда Российской Федерации, председатели и судьи арбитражных судов, входящих в Северо-Кавказский судебный округ, представители научного сообщества.
Не менее значимым событием было проведение Высшим Арбитражным судом Российской Федерации на базе Арбитражного суда Республики Адыгея в сентябре 2011 года семинара на тему «Вопросы применения информационных технологий в организации работы арбитражных судов» с участием членов Высшего Арбитражного Суда Российской Федерации, представителей арбитражных судов субъектов Северного Кавказа, Восточно-Сибирского и Центрального федеральных арбитражных судов, Третьего арбитражного апелляционного суда, арбитражных судов Курской, Кемеровской, Московской и Томской областей, Удмуртской Республики.
Указом Президента Российской Федерации от 20 февраля 2020 года председателем Арбитражного суда Республики Адыгея назначен Боровик Александр Михайлович.
Под его руководством проведен большой объем работы по созданию условий для комфортной работы судей и работников аппарата. Осуществлено благоустройство территории, оборудована служебная парковка для транспорта судей, обновлена материально-техническая база. В 2023 году за судом закреплено дополнительное трехэтажное здание.
Боровик А.М. является заместителем председателя Совета судей Республики Адыгея, судьи являются членами Квалификационной коллегии судей, Экзаменационной комиссии по приему квалификационного экзамена на должность судьи, профильных комиссий Совета судей Республики Адыгея.
Работа суда высоко оценивается руководством Республики Адыгея. На сегодняшний день четверо судей удостоены почетного звания «Заслуженный юрист Республики Адыгея».
Арбитражный суд Республики Адыгея принимает активное участие в общественной жизни республики, социально - культурных и спортивных мероприятиях судейского сообщества, благотворительной деятельности.