Службу в уголовно-исполнительной системе Евгений Тимофеев начинал в 2005 году в должности младшего инспектора отдела охраны в исправительном учреждении. За почти 20 лет службы Евгений Александрович прошел путь от младшего инспектора до начальника исправительного учреждения. В аппарате Главного управления Федеральной службы исполнения наказаний по Новосибирской области занимал должность начальника отдела собственной безопасности.
С 2023 года Евгений Тимофеев назначен начальником исправительной колонии №9 регионального ведомства. В апреле 2024 года центром трудовой адаптации осужденных ИК-9 ГУФСИН России по Новосибирской области под руководством Евгения Александровича выпущен рекордный объем товарной продукции на сумму 27 миллионов рублей или 30 % от среднемесячного объема производства товаров территориального органа.
На торжественном мероприятии присутствовали начальник ГУФСИН России по Новосибирской области генерал-лейтенант внутренней службы Алан Купеев, его заместители, руководители подведомственных учреждений региона.
Алан Купеев вручил Евгению Тимофееву памятный адрес, а также ценный подарок и пожелал успехов. В ответном слове со словами благодарности за совместную службу выступил Евгений Тимофеев. Коллектив ГУФСИН России по Новосибирской области желает Евгению Александровичу успехов в дальнейшей жизни.